Сложностной анализ генетических текстов N 2

Abstract

В работе представлен новый метод обнаружения структурных закономерностей в символьных последовательностях, в основу которого положены понятия сложности конечной последовательности и сложностного профиля последовательности. Используемое в работе определение сложности в явном виде апеллирует к понятию повтора, играющего фундаментальную роль в организации генетических текстов. Предложенный метод можно рассматривать как весьма универсальный инструмент отыскания закономерностей локального типа (сосредоточенных в достаточно ограниченном участке генома). На примере бактериофага проведена классификация типов выявляемых закономерностей, прослежена их связь со знаковыми конструкциями (фрагментами генома, отвечающими за регуляцию основных генетических процессов). Сформулирована гипотеза об "иерархической дупликации" как о возможном механизме эволюции геномов с использованием блочных перестроек.